在使用全自動膠囊填充機前要先檢查機器設備各部件是否完好，并且要按照要求對儀器進行消毒清潔。按照填充量等工藝要求選擇合適的料盤規格，粉劑或顆粒充填系統。

1、支座與料盤應保持平行位置，充填桿應垂直于支座，以保證充填桿自如地出入料盤的充填孔。松開緊定螺釘，鎖緊螺母旋轉栓到所需高度（或向桿刻有刻度），然后擰緊螺釘、螺母，充填座高度調整完畢。
2、所有的安全設置都正確地配備和調節好后，在不帶膠囊和藥品的條件下，用手輪把機器按運轉方向轉動1-3轉，然后，在一切正常的情況下，把膠囊和藥粉（或顆粒）分別裝入各自的容器內，填入高度均在容器邊緣以下30mm處。
3、調節好全自動膠囊填充機填充桿插入料盤的深度，膠囊的zui大充填量是由膠囊的尺寸、料盤的高度以及填充桿對藥粉的壓實程度所決定的。調節好填充桿的高度，開始時，六組填充桿的下端面應在同一水平面上，填充桿的插入深度由料盤厚度決定。顆粒充填系統則依靠旋轉調節軸，使調節件左右移動，通過容積變化來達到調整的目的。開動機器，即可進行正常工作。
4、充填機構的保護：定期檢查計量斗，并清除任何粘于其上的沉積物。在凸滾上的軌道上涂一層薄油脂，每月一次。齒輪和槽形凸輪進行清洗并涂上油脂，每兩周一次。
4、使用完后將全自動膠囊填充機進行清潔后，進行干燥存放。